שדלץ נכבשה ע"י החיילים הגרמנים ב 11 באוקטובר 1939.
טרם מלחה"ע II היו כמחצית מ 30,000 תושבי העיר יהודים. ימים אחדים לאחר הכיבוש הנאצי, ב 15 בנובמבר 1939, הם החלו לעצור יהודים. לאחר שכינסו אותם בכלא, הצעידו אותם למחרת היום לווגרו (Wegrow). שם- במהלך הלילה הצליחו כ 50 מהם לברוח מכיכר השוק, בהם גם הרשל קייב ואביו. האחרים הובלו לאוסטרולקה.
ברבעון של המכון היהודי ההיסטורי בפולין, "בלעטער פאר געשיכטע" – דפים להיסטוריה, כרך 4, גיליון 2, מופיעה טבלה ובה מספר היהודים בשדלץ מתחילת המלחמה ועד החיסול:
שנה ותאריך | מס' היהודים המקומיים | פליטים שנוספו |
1 בספטמבר 1939 | 15,253 | |
דצמבר 1940 | 13,000 בקירוב | 1201 |
מרץ 1941 | 12,000 | |
יולי 1941 | 11,674 | |
יוני 1942 | 11,700 |
במרוצת שנתיים ומחצה, הלך ופחת מספר היהודים בשדלץ. הקלגסים הנאציים רצחו בהם על כל צעד ושעל, מחלות ומגפות, שהתפשטו בקלות מחמת תנאי ההיגיינה הירודים, הכו בהם ללא רחם. רבים נפלו קורבן למצוקה הכלכלית ולרעב הקשה, שהלכו והחמירו.
מראשית הכיבוש הפעילו הגרמנים את מכבש התעמולה שלהם על העם הפולני כדי להצדיק את רצח היהודים. למטרה זו הם עשו שימוש בפוסטרים ובטקסטים כגון:
"טיפוס- קדחת הבהרות- היא אחת המחלות המסוכנות ביותר, לעיתים קטלנית. מחלת הטיפוס היא מדבקת ביותר ולכן מתפשטת במהירות וחודרת בקלות למחזור הדם. באזורנו היא רווחת מאד- במיוחד אצל היהודים".
בחגים היהודיים נכנסו הגרמנים לבתי הכנסת, הכו את היהודים שנתפסו מתפללים שם, תלשו מהם את התפילין והכיפות, וירו באלו שניסו להימלט דרך החלונות. יוסף רובין נרצח כך, ביום השביעי של סוכות. מראשית הכיבוש, הגרמנים בזזו בתים וחנויות של יהודים.
בסוף נובמבר 1939 הורו הגרמנים על הקמת יודנראט– מועצת היהודים בעיר. ביודנראט נכללו: יצחק-נחום ויינטראוב (יו"ר), הירש אייזנברג (סגן יו"ר), הרצל טננבאום (מזכיר, אחראי למגעים מול הגסטאפו), ד"ר הנריק לואבל (מחלקת תברואה), מ. צרנוברודה (כספים), מ. רוטביין (תעסוקה), י. לנדאו (עורך דין, עובד סוציאלי), א. אלטנברג (מחלקת אספקה), ל. גרינברג (סיוע משפטי), ר. לייטר (עניינים כלליים). בסה"כ היו 25 חברים ביודנראט. חברי המועצה היהודית היו- בסך הכל- מנהיגים יהודיים מוכרים, שהנאצים "העניקו" להם כוח עצום, עד הרגע שבו גם הם גורשו. המועצה ניהלה את ענייני היהודים, רכושם, כוח האדם, ועליהם הוטלה המשימה להכין את "רשימות הטרנספורט" (שהכילו את שמות האנשים שנשלחו למחנות ההשמדה). כוח משטרה יהודי שמנה כ 50 איש השליט סדר, כשהם מצוידים בכובעי משטרה, אלות ותגים מזהים.
בנוסף היה כוח סניטציה שדאג לענייני תברואה וניקיון- בבתים, בסמטאות ובחצרות בשכונות היהודים. לאחר שהוקם הגטו הסגור, תפקד כוח זה תחת מחלקת התברואה של היודנראט.
יושב ראש היודנראט- ויינטראוב– היה אדם מבוגר, פעיל פוליטי וחברתי מוכר. במשך שנים רבות הוא היה מראשי הקהילה הדתית והתנועה הציונית. הוא ניהל יומן ובו מצוינים המאורעות החשובים בחיי העיר וכן סיפורים ששמע מפי זקני העיר. לרוע המזל רוב החומר אבד, מלבד דברים שפרסם בעיתונות המקומית בתקופה שבין מלחמות העולם. בפועל מי שניהל את היודנראט היה ד"ר הנריק לואבל. אמיל קרפינסקי זוכר ש"אנשים ממש נלחמו זה בזה, נתנו שוחד ונקטו בכל אמצעי כדי לתפוס עמדה ביודנראט או במשטרה היהודית".
בסוף נובמבר 1939 נכנסו חיילים לבית הכנסת ולבית המדרש וזרקו מהם את גווילי התורה, תוך שהם קורעים ורומסים אותם.
במהלך הלילה של 24-25 בדצמבר 1939 הבעירו הנאצים את בית הכנסת. פליטים יהודיים שנלכדו בפנים עלו באש.
עדותו של יצחק כספי מתוך "קורות היהודים בשדליץ", בואנוס איירס, עמוד 29:
"בית הכנסת העירוני נהרס בידי הרוצחים הגרמנים. הגרמנים הציתו את בית הכנסת, שעה שבתוכו היו פליטים מערים אחרות, שלא מצאו מקומות מגורים בעיר. למחרת דרשו השלטונות הגרמנים, שהיהודים יאשרו בכתב שבעצמם הציתו את בית הכנסת. יחד עם בית הכנסת העירוני נשרפו גם בית המדרש העירוני (מראשית המאה התשע עשרה), שנמצא סמוך לבית הכנסת וכן בית המדרש הפרטי שהוקם בשנת 1878-1879 בידי הגביר המתנגד רבי ישראל יחיאל גרינברג, ושנקרא על שמו".
עד דצמבר 1939 הצטווה היודנראט לגייס "תרומות" של 20000 זלוטי. במהלך 1940, מהאביב עד הסתיו הובלו יהודי שדלץ לעבודות השבחת קרקע באזור נהר Liwiec. העובדים- שחולקו לקבוצות בנות 15 איש- עבדו תחת פיקוח פולני, ומעליהם פיקוח של אנשי SS גרמנים שניהלו את קצב התקדמות העבודה. כ 1500 איש עזבו את הגטו מדי יום לעבודות הכפייה אליהם שובצו.